El término municipal de Cijuela a surge finales del siglo XIX, constituyéndose su ayuntamiento como tal en 1872, por lo que se trata de un pueblo relativamente reciente, aunque existen documentos de 1492 donde se cita el camino que va a Cijuela de lo que se puede deducir la existencia de una alquería frecuentada por la Nobleza del Reino Nazari.
Cijuela es de origen árabe y su nombre viene del vocablo zujuela, que significa “pequeña llanura”, lo cual describe perfectamente la superficie de Cijuela, donde se ubican dos Torres árabes, una de ellas situada en el centro del núcleo de población de la cual no quedan restos y la Torre de Baldomar, situada en las tierras de secano, tratándose de una torre vigía típica de la época de la cual se conservan restos. Aunque no esté probado, el fundador del Reino de Granada, el rey Muhammad ben Alhamar, pudo dirigir desde este lugar la recuperación de los sistemas de riego y canales construidos por Al-Haken II en el siglo X y ampliados por Yusuf I en el XI. En el siglo XIII este rey no sólo arregló la captación y conducción de las aguas sino que amplió el número de acequias y organizó su distribución. Sus sucesores poblaron estas tierras de moreras para alimentar a los gusanos de seda. Tan importante fue la industria de la seda en Granada que se convirtió en el principal negocio de intercambio comercial con Génova, Venecia y otros estados italianos.
En 1431 don Álvaro de Luna inicia una campaña de reconquista en la Vega de Granada que culminará con la Batalla de la Higueruela. En esta contienda se destruyó la torre nazarí de Cijuela que no se volvió a construir y de la cual solo quedan unas ruinas en la actualidad. También durante el siglo XV sirvió de residencia para la hermana del rey Boabdil, Ceti Haxa. Este hecho supuso el empobrecimiento del municipio y el descenso de población. Llegó a ser una localidad de cierta importancia como lo demuestra la construcción de dos altas torres defensivas. No fue hasta el siglo XIX cuando consiguió su condición de municipio y su estabilidad en el censo de viviendas y habitantes. Una vez llegados los cristianos desde distintos puntos de la Península Ibérica, se abandonaron los cultivos tradicionales por otros poco conocidos. Tras la reconquista fue vendida al primer alcalde de Santa Fe y posteriormente fue traspasada al Duque de Abrantes, descendiente del Marqués de Portago, quien a su vez las vendió a D. José Vilchez Gómez para después pasar a manos de los campesinos descendientes de los habitantes de los cortijos del Boldomar que era como se conocía nuestro municipio en los años previos a su constitución como tal.
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